В случае возникновения ошибок они будут отображены в 1С в окне «Служебные сообщения». Исправьте их.
В информационном окне СБиС Коннекта нажмите на ссылку «Зафиксированно ошибок» и посмотрите, есть ли там записи с красным крестиком. Проверьте настройки СБиС Коннекта.
После выполнения всех действий повторите выгрузку документов на сайт СБиС.